Le programme de surveillance est constitué de 4 types de contrôles différents.

  Le contrôle de surveillance est destiné à l’évaluation et au suivi de l’état général des eaux. Il porte sur une sélection de cours d’eau, plans d’eau, eaux souterraines et eaux côtières.
Pour assurer une surveillance représentative, l’implantation des stations de mesures a été faite selon des critères statistiques précis prenant en compte différentes caractéristiques (taille ou rang des cours d’eau, géologie, pressions agricoles ou urbaines, …).
Les paramètres mesurés permettent de restituer fidèlement l’état général des eaux : physico-chimie, biologie, micro-polluants, piézométrie, poissons, invertébrés, algues,…
Ce contrôle de surveillance est opérationnel depuis janvier 2007.

Le contrôle opérationnel est destiné à l’évaluation et au suivi des eaux qui n’atteindront pas le bon état en 2015.
Chacune des eaux concernées sera suivie. Toutefois, pour les pollutions diffuses et les perturbations hydromorphologiques, il sera procédé par échantillonnage.
Ce contrôle est à mettre en place progressivement entre 2007 et 2009, et durera jusqu’à ce que chaque eau ait atteint le bon état.

  Le contrôle d’enquête est mis en place lorsque la cause du déclassement est inconnue, ou en cas de pollution accidentelle. Ces contrôles seront mis en place en tant que de besoin.

  Les contrôles additionnels sont des contrôles supplémentaires requis notamment sur captages d’eau de surface pour l’eau potable, ainsi que certains sites Natura 2000, pour répondre aux exigences des législations spécifiques qui les concernent.

Toutes les données correspondant aux quatre contrôles de ce programme sont accessibles gratuitement sur internet.
Un portail national, ainsi qu’un portail au niveau du bassin sont prévus dans le SDDE (Schéma Directeur des données sur l’Eau). Le premier est en place (www.eaufrance.fr), le second devrait être mis en service en 2008.
Enfin, l’interopérabilité des principaux sites doit être mise en œuvre progressivement (il s'agit de gommer pour l'usager toute contrainte liée à la multiplicité des bases de données).

Les données brutes collectées à partir des réseaux de surveillance de la qualité des cours d'eaux sont consultables avec l’outil OSURweb.

L'agence de l'eau Loire-Bretagne publie aussi des cartes de synthèses : les consulter

Dans le cadre de son IXème programme, l’Agence de l’Eau a prévu une augmentation de 60 % des crédits consacrés aux réseaux de surveillance placés sous sa responsabilité. Cette augmentation permet de satisfaire au minimum exigé par la directive européenne sur l’eau.
Après quelques années de fonctionnement, certaines analyses devraient cependant pouvoir être allégées, notamment dans le domaine très onéreux des micropolluants, au fur et à mesure que la connaissance de leur présence ou de leur absence dans certaines eaux s’améliorera.