L’agence de l’eau aide financièrement et techniquement les actions d’intérêt général au service de l’eau et de l’environnement du bassin : la lutte contre la pollution des eaux, la protection et la restauration des ressources en eau (rivières, plans d’eau, nappes, eaux littorales) et des milieux aquatiques.
Ces actions sont financées par les redevances payées par les usagers de l’eau du bassin.
Pour orienter le choix des actions et permettre aux acteurs de l’eau d’entreprendre une politique cohérente, il lui faut connaître le milieu naturel et ses usages, définir les solutions techniques, planifier, programmer, évaluer les actions et les faire connaître, informer, sensibiliser… C’est le rôle des 313 professionnels qui travaillent à l’agence de l’eau.

Voir l'organigramme de l'agence de l'eau Loire-Bretagne

L’agence de l’eau intervient dans le cadre de programmes d'intervention pluri-annuels préparés et validés par le conseil d'administration et le comité de bassin.
Elle consacre environ 300 millions d’euros par an à la reconquête de la qualité des eaux du bassin Loire-Bretagne.

Les recettes de l’agence de l’eau sont les redevances qu'elle perçoit auprès des usagers de l'eau (habitants, acteurs économiques) en fonction des volumes d’eau prélevés et consommés et des pollutions rejetées. Elle les redistribue sous forme d'aides financières aux maîtres d'ouvrage privés ou publics qui concourent à la lutte contre la pollution des eaux, à l'amélioration de la gestion de la ressource en eau, à la protection et la restauration des milieux aquatiques naturels, à la reconquête de la qualité des eaux dans l'intérêt commun du bassin.

Pour des politiques mieux partagées et mieux assises sur les territoires, l’agence de l’eau propose aux acteurs de l’eau (régions, départements, collectivités locales, acteurs économiques) de travailler dans le cadre de contrats. Les contractants s’engagent sur un calendrier et une obligation de résultats mesurables sur le milieu naturel, en contrepartie de la garantie de financements de l’agence de l’eau.
Pour une meilleure efficacité environnementale, l’agence de l’eau met en œuvre des principes de sélectivité et de modulation selon la sensibilité des milieux : certaines actions ne sont financées qu’à condition d’être inscrites dans le cadre d’opérations territoriales.

C'est le bassin hydrographique de la Loire et de ses affluents, les bassins de la Vilaine et des côtiers bretons, les bassins côtiers vendéens et du marais poitevin.

Comme tous les établissements publics, l'agence de l'eau est gérée par un conseil d'administration (organe délibérant) et un directeur général (organe exécutif).

Le directeur général de l’agence est Noël Mathieu, ingénieur général du génie rural des eaux et forêts.
- Consulter les décisions du directeur 

Le ministre de l'écologie en charge du développement et de l'aménagement durables et le ministre de l'économie, des finances et de l'industrie exercent une tutelle administrative et financière sur l'établissement. Ils désignent à cet effet un commissaire du gouvernement.

Siège : Orléans la Source
Délégation : Centre-Loire, Allier-Loire amont, Anjou-Maine, Ouest-Atlantique, Poitou-Limousin, Armor-Finistère.
Effectif : 313 personnes
Budget primitif 2008 : 340 millions d'euros